Στην έκθεση 580 σελίδων της ΜΟ.ΔΙ.Π του έτους 2015 αναφέρεται μεταξύ άλλων:
Οι αλλαγές στη διάρθρωση των σχολών και των Τμημάτων είναι εξαιρετικά πρόσφατες ως συνέπεια του Σχεδίου ΑΘΗΝΑ και του νέου νομοθετικού πλαισίου (Ν.4009/2011, Ν.4076/2012. Συνεπώς είναι εξαιρετικά επισφαλές να εξαχθούν συμπεράσματα για την αποτελεσματικότητα της τωρινής διάρθρωσης. Αυτό που είναι σίγουρο είναι ότι η συγκεκριμένη οργανωσιακή – οργανωτική δομή δεν έχει επιλύσει προβλήματα που αντιμετώπιζαν οι σχολές και τα Τμήματα πριν από την εφαρμογή του Σχεδίου ΑΘΗΝΑ και μετά την εφαρμογή της διαθεσιμότητας των διοικητικών υπαλλήλων, αλλά και της επιβεβαιωμένης υποχρηματοδότησης του Ιδρύματος. Τα περισσότερα εξ αυτών εντοπίζονται:
1. Στην απόλυτη σκοπιμότητα περιορισμού του αριθμού των εισακτέων είτε με Πανελλαδικές Εξετάσεις είτε μέσω μετεγγραφών. Το θέμα των εισακτέων εντοπίζεται στις εκθέσεις εσωτερικής αξιολόγησης των Τμημάτων και επιβεβαιώνεται από τις διαπιστώσεις των εξωτερικών αξιολογητών, συνίσταται δε στη μη συμβολή των Τμημάτων στη διαμόρφωση των εισακτέων τους κάθε χρόνο. Τα Τμήματα δεν έχουν καμία πραγματική δικαιοδοσία στη διαδικασία επιλογής των φοιτητών τους, ούτε στον αριθμό των εισαχθέντων φοιτητών. Θεωρητικά, υπάρχει ένας συγκεκριμένος αριθμός νέων φοιτητών που εισάγονται κάθε χρόνο, και στον αριθμό αυτό βασίζεται ο προϋπολογισμός του εκάστοτε Τμήματος. Ωστόσο, ο αριθμός αυτός υπερδιπλασιάζεται λίγους μήνες αργότερα, όταν φοιτητές από περιφερειακά Πανεπιστήμια, συνήθως με πολύ χαμηλότερα ακαδημαϊκά προσόντα, μεταφέρονται στην Αθήνα, εκμεταλλευόμενοι την ισχύουσα νομοθεσία. Το Υπουργείο Παιδείας αποφασίζει μάλλον αυθαίρετα και όχι στη βάση των πραγματικών δυνατοτήτων, σε επίπεδο υποδομής, των Τμημάτων (τόσο ως προς αυτά που υπάρχουν εργαστήρια και ασκήσεις στο ύπαιθρο όσο και εκείνα που προβλέπουν ικανό αριθμό προπτυχιακών σεμιναρίων με εύλογα περιορισμένο αριθμό συμμετεχόντων).
2. Στην κάλυψη των αναγκών σε διδακτικό προσωπικό. Όπως έχει επισημανθεί από αρκετά Τμήματα, και βέβαια έχει υπογραμμισθεί από τους εξωτερικούς αξιολογητές των κλιμακίων της ΑΔΙΠ, με ευθύνη της Πολιτείας και όχι των Τμημάτων, εκκρεμούν διορισμοί εκλεγέντων μελών ΔΕΠ/ΕΠ. Σε κάποιες περιπτώσεις οι εκκρεμότητες αυτές ξεπερνούν σε χρονικό διάστημα την τριετία. Επίσης ενδέχεται να υπάρχουν περιπτώσεις Τμημάτων τα οποία ήταν αυτοδύναμα όμως η αποχώρηση ή και η συνταξιοδότηση μελών ΔΕΠ/ΕΠ παράλληλα με την μη πλήρωση της θέσης τους μπορεί να έχει οδηγήσει σε διάφορα προβλήματα.
3. Στην απαιτούμενη αύξηση των πόρων για την ανανέωση του εργαστηριακού εξοπλισμού, τη συντήρηση των υποδομών εκπαίδευσης και έρευνας οι οποίες σε μεγάλο βαθμό συντηρούνται από τον ηρωισμό και την προσπάθεια που καταβάλλουν οι διοικήσεις των Τμημάτων και το διοικητικό και τεχνικό προσωπικό.
4. Στις συνέπειες της εφαρμογής του μέτρου της διαθεσιμότητας. Στις περισσότερες γραμματείες Τμημάτων ένας μονοψήφιος αριθμός υπαλλήλων θα πρέπει να εξυπηρετήσει μερικές χιλιάδες φοιτητών. Οι ίδιοι υπάλληλοι θα πρέπει να συμβάλλουν στην υλοποίηση των μεταπτυχιακών προγραμμάτων που θα πρέπει να σημειωθεί ότι στο ΕΚΠΑ δεν έχουν ακόμα επαρκώς μηχανογραφηθεί με αποτέλεσμα να δυσχεραίνεται περισσότερο το έργο των διοικητικών υπαλλήλων. Επίσης αυξάνεται όλο και περισσότερο το έργο των διοικητικών υπαλλήλων λόγω της επέκτασης του σε νέες όλο και πιο σύνθετες δραστηριότητες (σύστημα διανομής συγγραμμάτων ΕΥΔΟΞΟΣ, ΔΙΑΥΓΕΙΑ, ΜΟΔΙΠ –ΑΔΙΠ, συλλογή και αποστολή στοιχείων για το Υπουργείο Παιδείας, αλλαγή σύνθεσης των εκλεκτορικών σωμάτων, με την συμμετοχή εξωτερικών εκλεκτόρων από άλλα ελληνικά πανεπιστήμια και την ανάλογη γραμματειακή υποστήριξη, ηλεκτρονική υποστήριξη βιβλιοθηκών κ.α).
5. Στην ανάγκη περισσότερων αιθουσών διδασκαλίας, προκειμένου να καταστεί δυνατή η διδασκαλία σε μικρότερα ακροατήρια (διάσπαση μεγάλων ακροατηρίων σε μικρότερα Τμήματα).
Αν και η πληρότητα της ακαδημαϊκής δομής του ΕΚΠΑ είναι ένα από τα ισχυρά του σημεία, δημιουργεί και προβλήματα συντονισμού, δεδομένης της μεγάλης διαφοράς στην κουλτούρα, στις προτεραιότητες και στους αντικειμενικούς στόχους μεταξύ των Σχολών. Η περιορισμένη διοικητική αυτοτέλεια και η ασάφεια και αστάθεια της εθνικής στρατηγικής για την Παιδεία επιτείνουν ακόμη περισσότερο το πρόβλημα της χάραξης μακροπρόθεσμης στρατηγικής σχετικά με την ακαδημαϊκή και διοικητική του συγκρότηση