Στο Πανεπιστήμιο Μακεδονίας προσφέρονται Προγράμματα Μεταπτυχιακών Σπουδών στα εξής αντικείμενα:
Διατμηματικά Προγράμματα Μεταπτυχιακών Σπουδών
Σχολή Επιστημών Διοίκησης Επιχειρήσεων
Τμήμα Οργάνωσης & Διοίκησης Επιχειρήσεων
Διεθνείς Επιχειρηματικές Δραστηριότητες
Μάνατζμεντ Τουριστικών Επιχειρήσεων & Οργανισμών
Αναλυτική των Επιχειρήσεων & Επιστήμη των Δεδομένων
Φορολογική και Χρηματοοικονομική Διοίκηση Στρατηγικών Αποφάσεων
Τμήμα Λογιστικής & Χρηματοοικονομικής
Στρατηγική Διοικητική Λογιστική & Χρηματοοικονομική Διοίκηση για Στελέχη Επιχειρήσεων
Εφαρμοσμένη Λογιστική & Ελεγκτική
Τμήμα Εφαρμοσμένης Πληροφορικής
Σχολή Κοινωνικών, Ανθρωπιστικών Επιστημών & Τεχνών
Τμήμα Διεθνών & Ευρωπαϊκών Σπουδών
Ευρωπαϊκές Πολιτικές Νεολαίας, Εκπαίδευσης & Πολιτισμού
Ευρωπαϊκή Ολοκλήρωση & Διακυβέρνηση
International Public Administration
Ευρωπαϊκές Σπουδές στις Διεθνείς Υπηρεσίες & Συναλλαγές
Τμήμα Εκπαιδευτικής & Κοινωνικής Πολιτικής
Δια Βίου Μάθηση & Ειδική Αγωγή
Ειδική Αγωγή, Εκπαίδευση & Αποκατάσταση
Επιστήμες της Εκπαίδευσης & της Δια Βίου Μάθησης
Επιστήμες των Διαταραχών της Επικοινωνίας
Τμήμα Μουσικής Επιστήμης & Τέχνης
Σχολή Οικονομικών & Περιφερειακών Σπουδών
Τμήμα Οικονομικών Επιστημών
Τμήμα Βαλκανικών, Σλαβικών & Ανατολικών Σπουδών
Politics and Economics of Contemporary Eastern & South-Eastern Europe
Ιστορία, Ανθρωπολογία & Πολιτισμός στην Ανατολική & Νοτιοανατολική Ευρώπη
ΔΙΑΠΑΝΕΠΙΣΤΗΜΙΑΚΑ/ΔΙΑΤΜΗΜΑΤΙΚΑ ΠΡΟΓΡΑΜΜΑΤΑ ΜΕΤΑΠΤΥΧΙΑΚΩΝ ΣΠΟΥΔΩΝ
Προηγμένα Συστήματα Υπολογιστών & Επικοινωνιών